Třetí série se odehrává tři roky po druhé. Bývalý agent Stephen Saunders se snaží vydírat Spojené státy hrozbou vypuštění viru Cordilla, pokud nesplní jeho podmínky. CTU se ho snaží dopadnout. V průběhu série se Jack znovu setkává s Ninou Myers a bezvládně ležící na zemi ji zabije. Jack Bauer a jeho nový kolega Chase Edmunds nakonec zabrání provedení Stephenových plánů, ale v závěru seriálu je Jack nucen useknout Chasovi ruku, protože mu na ni jeden z teroristů dokázal připevnit nádobu s virem. Chase je přítelem Jackovy dcery Kim a celá série končí pohledem na Jacka, který pláče v autě.