En mægtig kamp har raset i galakserne i mange år, mens 500 milliarder mennesker, hvis forfædre blev forvist fra Jorden, planlægger at vende tilbage til det der stadig kaldes hjem. Tvunget til at flygte fra en hærget Jord, har mennesket nu også udpint hjørnerne af galaksen som de flygtede til. Jorden er igen blevet den mest værdsatte og værdifulde ressource af alle, der kontrolleres af den korrupte Gaia koalition, som regerer over hele den menneskelige race på tværs af de forskellige galakser. Efter at være blevet hængt ud og forvist under Hjemkomstkrigen er Kaptajn Harlock og hans betroede besætning på slagkrydseren Arcadia, det eneste håb menneskeheden har for, at opdage de hemmeligheder Gaia har holdt skjult.