Die X-Akten wurden geschlossen und Mulder und Scully wurden getrennt. Scully unterrichtet an der FBI-Akademie in Quantico, Virginia, während Mulder zur Überwachung abkommandiert wird. Mit Agent Alex Krycek als neuem Partner und dem mysteriösen X als neuer Informationsquelle kämpft Mulder darum, seine Suche nach der Wahrheit am Leben zu erhalten. Doch ironischerweise ist es Scully, die die von Mulder ersehnte Begegnung erlebt und eine Reise antritt, die die beiden Agenten schließlich wieder zusammenführt und ein Band schmiedet, das sie einander näher bringt als je zuvor.