Während Mulder in einer neurologischen Abteilung liegt und sein Gehirn von einem tödlichen Ansturm elektrischer Impulse angegriffen wird, kämpft Scully darum, die seltsamen Symbole auf einem Raumschiff zu entziffern, das vor der westafrikanischen Elfenbeinküste unter Wasser gefunden wurde. Doch die Verbindung zwischen diesen beiden Phänomenen ist nur die erste von vielen Herausforderungen, denen sich die Agenten stellen müssen. Denn sie stehen vor einer Zeit des Abschlusses und einer Zeit des Neubeginns. Für Mulder ist es der Tod seiner Mutter und von Diana Fowley und das Ende seiner Suche nach seiner entführten Schwester Samantha. Für Scully ist es eine Zeit, in der sie sich ihren eigenen persönlichen Dämonen stellen muss, darunter die Rückkehr des Todesfetischisten Donnie Pfaster. Doch gerade als Scully vor dem ultimativen Neuanfang steht, ereignet sich der ultimative Horror - die Entführung von Mulder.