Torchwood wird gezwungen, unterzutauchen, da die Regierung schnell und brutal vorgeht. Während Mitglieder des Teams gejagt werden, besitzt nur Lois den Schlüssel zur Rettung von Torchwood - doch sie ist machtlos, während ihre Vorgesetzten Pläne für die geheimnisvolle Etage 13 schmieden.