Contaminé par des radiations, Snake Eyes arrive à s'extraire de la grotte avec un barril contenant des cristaux. En chemin il libère un loup attaché à un piège qui le suit. De son côté, ayant réussi à se libérer des griffes de Cobra, Duke, accompagné des Gi-Joe plongent au fond de l'océan pour récupérer de l'eau lourde, le second élément indispensable. Sous l'eau, ils doivent affronter des hommes de Cobra. La bataille qui s'engage réveille des monstres marins.