Il team subisce una perdita devastante e affronta sfide sorprendenti. Adattandosi alla successiva evoluzione de La Macchina, ora completamente autonoma e nascosta da tutti, Finch e Reese si uniscono all'agente ribelle Sameen Shaw per salvare vite e cercare giustizia, ma le loro missioni minacciano ora di dividerli. Joss Carter e Lionel Fusco finalmente smascherano la cospirazione criminale della polizia "HR" - ma a un costo tragico. E l'ex nemica informatica - e ora alleata altamente addestrata de La Macchina - Root diventa un alleato imprevedibile quando il team scopre che un secondo sistema di sorveglianza, in grado di sfidare La Macchina, è sull'orlo dell'attivazione.