JD ed Elliot si risvegliano dopo aver fatto sesso. Entrambi non vogliono ricominciare una relazione seria, dopo la disastrosa fine dell'altra e quindi decidono di essere "Compagni di sesso". Elliot usa il sesso con JD per eliminare le tensioni e la depressione che la opprimono. Elliot è sempre più pressappochista nel suo lavoro e Turk, che l'aiuta, ne paga le conseguenze, venendo accusato delle negligenze della ragazza. Turk allora decide di dare ad Elliot una tregua per farla riflettere sulla sua vita convincendo i pazienti di Elliot a chiedere un altro medico. Elliot lo scopre e inizialmente di infuria, poi quando si rende conto che sta davvero peggiorando come medico, capisce che Turk ha fatto la cosa giusta, per il bene dei pazienti oltre che per il suo. JD intanto si rende conto di non riuscire a dividere il sesso dai sentimenti e si riscopre innamorato di Elliot nuovamente, ma Elliot tronca il loro rapporto per riordinare la sua vita. Carla nel frattempo ha un problema con un paziente anziano: gli ha detto che può essere dimesso per andare al matrimonio del figlio, ma Kelso sostiene che ha ancora bisogno di ossigeno. Manda JD da Kelso a sostenere che dimettere il paziente è la scelta giusta. Kelso va a parlare con lei e le dà la possibilità di decidere: dimetterlo e correre il rischio, o stare sul sicuro e farsi odiare da un paziente.