U.C. 0123 หลังจากผ่านยุคแห่งสันติภาพมาหนึ่งชั่วอายุคน สหพันธ์โลกได้เริ่มสร้างอาณานิคมในอวกาศแห่งใหม่เพื่อรองรับประชากรมนุษย์ที่เพิ่มขึ้น แต่กองกำลังใหม่ ครอสโบนแวนการ์ด ผู้มีฐานะดี วางแผนที่จะยึดครองอาณานิคมของฝั่งชายแดนที่เพิ่งสร้างขึ้นใหม่เป็นของตนเอง เมื่อบ้านของพวกเขาได้กลายเป็นสนามรบ พลเรือนหนุ่มสาวจำนวนหนึ่งต้องดิ้นรนเพื่อหนีจากความขัดแย้ง เพื่อช่วยชีวิตเพื่อนและครอบครัว นักรบที่ไม่เต็มใจอย่างซีบุ๊ค อาร์โน จึงกลายมาเป็นนักบินของกันดั้มรุ่นใหม่ที่ใช้ชื่อรหัสว่า F91