Detective Conan Expediente Mágico 2 trata de un caso de asesinato relacionado con la historia de la 12ª película de Detective Conan. El caso de asesinato al que se hace referencia gira en torno a un hombre que es sospechoso de haber asesinado a su abuela. Sin embargo, esta sospecha sólo surgió cuando declaró en comisaría que había estado en casa en el momento del crimen. Estaba muy nervioso cuando hizo su declaración, por lo que esta información no se corresponde con los hechos. Ahora busca testigos que puedan demostrar que se encontraba en el parque de la ciudad en el momento en cuestión para exculparse. Cuando Shinichi se entera de su historia, se muestra naturalmente dispuesto a resolver también este caso. Nota: El caso tiene lugar 3 años antes de la serie principal y del 12º largometraje.