Vaincu par Sasuke, Naruto retourne au village caché de la Feuille pour commencer un nouveau programme d'entraînement avec Kakashi et Yamato. Naruto apprend qu'il possède un chakra de type vent. Pendant ce temps, un groupe de quatre personnes mystérieuses attaque un village dans la campagne du Pays du Feu. Qui sont-ils et que veulent-ils exactement des ninjas du Village de la feuille ?