Kyon vient d'entrer au lycée. Dans sa classe, et plus précisément à la table derrière lui, un fille un peu spéciale : Haruhi Suzumiya. Celle-ci traîne une réputation de fille solitaire et bizarre depuis le collège, où elle a toujours clamé ne pas s'intéresser aux humains mais au extraterrestres, fantômes et autres créatures imaginaires. Et par manque de chance, Kyon engage la conversation avec elle ; et elle lui répond. Et il va progressivement devenir l'ami-esclave de cette fille dont il se demande si elle est juste bizarre ou tout simplement stupide...