Sean, ex ragazzo di Elliot, sta insieme a Kim. J.D. lo nomina "cugino di salsicciotto", in quanto entrambi hanno fatto sesso con la ragazza dell'altro. Intanto il dr. Cox sta cercando il nuovo primario di chirurgia e Turk, sollecitato da Carla, si fa avanti per ottenere quel posto. J.D. si sente minacciato dalla possibilità che il figlio non lo veda come un vero padre.