Après la Grande Guerre Ninja, de nombreux ninjas ont disparu et de nombreux d'entre eux sont devenus des Nukenin se cachant dans le Pays du Silence. Sai, qui s'est infiltré dans la région pour enquêter, renvoie un message crypté à Konoha. Shikamaru, déterminé à découvrir ce qui se passe, se dirige là-bas en compagnie de deux membres de l'ANBU, Soku et Ro. Cependant, ils doivent d'abord franchir un point de contrôle fortement gardé.